Ирина Слепухина | 12.10.2021 в 18:12

Российские химики создали онлайн-редактор углеводов, который облегчает изучение углеводных молекул - теперь ученые смогут собирать молекулы прямо в браузере. Он содержит множество полезных функций и прост в использовании.

Новый онлайн-редактор поможет ученым визуально собирать сложные молекулы. И вы тоже можете побывать на месте ученого и попробовать собрать новый углевод

Из-за огромного разнообразия и структурной сложности природных углеводов ученым для описания углеводных молекул не хватает формализованных средств, понятных как человеку, так и компьютерным программам и базам данных. До недавнего времени эта ситуация усугублялась отсутствием простых и доступных инструментов ввода углеводных структур и форматирования их для дальнейшей работы или использования в публикациях.

Сотрудники Лаборатории углеводов и биоцидов Института органической химии им. Зелинского (ИОХ) РАН разработали язык описания углеводов CSDB Linear, устраняющий недостатки других нотаций и объединяющий функциональную полноту, однозначность и машиночитаемость, способность обрабатывать структуры с неопределенностями, простоту освоения человеком.

Разработка, в частности, дает ученым новые возможности для работы с базой данных по структурам природных углеводов (Carbohydrate Structure Database, CSDB). Кроме того, химики смогут использовать новый редактор и для создания структур для последующей работы с ними в других программах, а также для подготовки иллюстраций для публикаций: от символических схем до атомно-координатных моделей. Посмотреть и попробовать собрать молекулу можно здесь - csdb.glycoscience.ru/snfgedit/snfgedit.html?expert=0&destination=structure

Так, редактор позволяет визуально собирать сложные молекулы прямо в браузере, наглядно визуализирует их во множестве форматов, "на лету" генерирует структурные формулы, списки возможных изомеров, оптимизированные трехмерные модели, файлы для молекулярной динамики и другие данные. При этом интуитивно понятный интерфейс не требует от пользователя специфических компьютерных навыков.